Las características climáticas de Málaga son temperaturas suaves casi todo el año, veranos muy calurosos y lluvias bastantes escasas. Estos factores afectan de manera fundamental a la distribución de la vegetación. El clima además también varía con la altitud, dando lugar a  una serie de niveles con diferentes conjuntos de especies vegetales, conocidos como “pisos bioclimáticos”. El que corresponde a esta zona de Málaga es el piso termomediterráneo, que va desde el nivel del mar hasta unos 800 m de altitud.

Las principales características de la flora que hay en él son el resultado de sobrevivir a largas temporadas sin agua, reduciendo al máximo la evaporación para evitar la pérdida de agua. Los mecanismos utilizados son diversos, como las hojas pequeñas y duras, en algunos casos transformadas en espinas; o bien pueden estar cubiertas de pelos o ceras protectoras que retienen la humedad en el interior de la planta; además las raíces suelen ser leñosas y profundas para buscar mejor el agua.

Es una colección de plantas propias del macrobioclima mediterráneo, tanto de la cuenca europea-norteafricana como de otras partes del mundo que comparten este clima, como Canarias, Madeira, Sudáfrica, centro de Chile, sur de Australia, y California. La flora mediterránea se considera de las más ricas en diversidad de especies (20 % de la flora mundial) y posee numerosos endemismos.

En la Rocalla de la Biodiversidad se incluye además un espacio dedicado al PROYECTO PHOENIX, iniciativa conjunta de los Jardines Botánicos Españoles para la conservación ex situ de plantas amenazadas y/o endémicas. En la parte de dolomías hay representadas especies como Linaria clementei (de Mijas), Anthyllis tejedensis subsp. plumosa (de la sierra Tejeda y Almijara), o Genista haenseleri (de Ronda); en el suelo de serpentinas crecen especies como Armeria villosa subsp. carratracensis, Centaurea carratracensis (ambas de Carratraca), o Alyssum serpyllifolium subsp. malacitanum (Sierra Bermeja); en turba rubia (de ph muy ácido, asemejándose así al terreno de la zona de las minas de Riotinto) vive Erica andevalensis.

En una pequeña colina al norte del jardín se reúnen un conjunto de plantas especialmente seleccionadas para mostrar, de forma ajardinada, un pequeño espacio propio de nuestro paisaje y nuestra cultura. Algunas son mediterráneas y otras de origen asiático; estas últimas llevan tanto tiempo en nuestra zona que ya se consideran como propias.

Olivos, higueras, granados, pinos, madroños, espinos majoletos, robles, sabinas, acebuches palmitos, lavandas, romeros, adelfas, jaras y retamas son algunas de las plantas de esta colección.

La Ruta Forestal atraviesa la finca La Concepción de norte a sur por su camino más alto. Tiene magníficas vistas de todo el jardín y sus alrededores, frente a él se encuentra el Parque Natural Montes de Málaga y, en su parte más al sur, la finca de San José y la ciudad de Málaga. Comprende 1.100 m de longitud, en los que la flora predominante es de tipo mediterráneo.

La Ruta de los Miradores mide 415 m, discurre justo por encima del jardín histórico. En su recorrido se encuentran miradores con hermosas vistas sobre el jardín. Lo singular del paseo es la visión de las copas de los árboles y el contraste entre la flora subtropical del jardín y las plantas autóctonas de esta ruta.